学部卒業生の多くは、4年次所属研究室の大学院修士課程にそのまま進学します。その結果、同じ研究室に３年間在籍し、一つのテーマについて深く研究を進めることができます。もちろん、学内外の他研究室に籍を進め、幅広い経験のなかで、自分のやりたいことをみつける学生もおり、少数ながら海外の大学院に直接進学した学生もいます。
修士修了後は、約２割が博士課程に進学し、さらなる研究を志します。比較的新しい専修であるため、博士取得者はまだ多くありませんが、修了後は国内の大学でポスドクとして研究を続けています。一方で、修士修了後の就職先として多いのは、環境や農林水産業にかかわる公務員があげられます。就職する民間企業の業種は、環境、農業関連から情報まで多岐にわたりますが、修士で学んだ専門性を活かしつつ、新たな自己の可能性を発揮するため、商社や報道へ道を進める修了生もいます（詳しくは「大学院案内・修了生の進路」のページ）。
卒業生の進路（2018年から2022年の実績）
卒業生42名：大学院進学37名 (88.1%)、就職5名 (11.9%)
大学院進学37名のうち、生圏システム学専攻に28名 (75.7%)、学内他専攻に2名 (5.4%)、他大学に7人 (18.9%) が進学しました。